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上海科技大学成功举办生物信息学基础培训

2019年4月19日至20日,我校成功举办了为期两天的生物信息学基础培训。这次培训由我校免疫化学研究所生物医学大数据平台发起和主持,图信中心云桌面教室以及人字楼报告厅举行,生命科学口的一百余位老师和同学们参与了培训。

生物信息学是利用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学问题的一门交叉学科。生物信息学的具体内容包括对生物学数据进行储存、搜索、处理以及利用。随着高通量数据特别是基因组学数据在生命科学研究中的大量使用,生命科学的发展越来越离不开生物信息学的应用。生物信息学是一门实践性很强的学科,有针对性的培训在该学科的教育中有举足轻重的作用。

本次培训的内容包括了生物信息学概述,以及R语言、Linux基础和RNA-SEQ数据分析的实战演练。19日上午,生信技能树的曾健明先生在人字楼报告厅概述了生物信息学以及各种学习资源,他强调了学习生物信息学贵在行动力和坚持,在现场带领大家安装基本的生信软件如Rstudio, git bash等。19日下午以及20日全天的实战培训在我校图信中心的云桌面实训教室进行。R语言、Linux基础和RNA-SEQ数据分析的实训由我校免疫化学所生物医学大数据平台的蒋立春博士、王玮博士和宋珂博士担任主讲人。来自上海中医药大学、我校生命科学与技术学院以及生信技能树的多位生信专家和生信实践者担任了培训现场助教,帮助学员们及时解决培训操作中遇到的各种具体技术问题。 图信中心云桌面实训教室先进的多媒体和云计算技术,也为讲师和学员们提供了良好的体验。

低年级研究生(一,二年级)占这次学员总数的四成以上,有一半以上的学员表示研究中或课题组经常遇到需要应用生物信息学来处理的问题,其中绝大多数学员表示需要找公司或者合作者解决这些问题,此次培训对他们有很大帮助,也纷纷表示会积极参加后续相关培训。希望此次培训能让学员们系统了解和掌握生物信息学的基础知识和应用,为我校后续更深入的生物信息学培训打好基础,也能为大家利用生物信息学工具开展生命科学研究提供助力。

图1 在人字楼报告厅,曾健明讲述生物信息学概述


图2 在我校图书信息中心的云桌面实训教室开展实战演练为主的培训


 
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