免化所白芳课题组与合作者基于物理模型的分子模拟系统解析PROTAC药效决定因素及理性分子设计方法
近日,上海科技大学免疫化学研究所白芳课题组联合美国莱斯大学José N. Onuchic教授团队,在靶向蛋白降解药物设计领域取得新进展。该成果以“Integrative Structural and Computational Analysis Reveals Potential Design Principles for Efficient PROTAC Degraders”为题,在国际学术期刊Cell Reports Physical Science上在线发表。蛋白水解靶向嵌合体(PROteolysis TArgeting Chimera,PROTAC)通过诱导目标蛋白降解发挥药效,目前仍缺乏对降解规律及结构机制的系统认识。白芳课题组长期聚焦于该药物模态设计新方法的研发,构建了一系列数据驱动的端到端人工智能模型,实现了PROTAC分子的设计及药效、药代等关键性质的高效预测。然而,现有人工智能方法在模型可解释性和作用机制解析方面仍存在不足,制约了其在药物理性设计中的进一步应用。针对上述问题,联合团队围绕PROTAC分子的多元作用模式,建立了基于物理模型的机制分析框架,结合长时间尺度全