1. 高性能计算

平台配置了一个具有GPU加速的独立计算集群和联想的云存储,可供SIAIS科研人员用于密集的计算应用和数据存储。平台可提供帐户设置、软件安装、数据可视化等其他的IT技术支持。


目前,SIAIS HPC Cluster安装有多种计算生物学、药物设计、BioinformaticsCryo-EM数据处理领域的专业软件和应用。包括:Schrodinger SuitesGaussian 09 E01GromacsNAMDRosettaRPythonAnacondaReLion3等。并可根据用户的需求和Cluster条件,安装指定软件和特定版本的软件(商业软件需提供正版授权)。


          


                


         



2. 高通量测序服务

平台配置了一台Illumina Hiseq 2500二代高通量测序仪和一台Nanopore MinION MK1B三代测序仪,以及建库和质检相关的全套仪器设备,可提供高通量测序相关的项目咨询、样本质检、测序文库构建,以及高通量测序的服务和技术支持。

测序仪器设备:


   

Illumina Hiseq 2500 System                                                             Nanopore MinION



质检仪器设备:

      

Agilent Bioanalyzer 2100                                               FlashGel System                            Qubit 4.0



其他设备:

   

μEncapsulator                                                  Bioruptor Pico





3. 生物信息学数据分析

平台提供通用序列分析、开源数据库或其他类型数据源的数据挖掘,提供各类二代及三代测序数据分析,包括Hi-C数据分析、ATAC-seq数据分析、RNA-seq数据分析、基因组的组装与注释、CRISPR g-RNA筛选、蛋白质组学数据分析、单细胞RNA-seq数据分析、BCR/TCR免疫组库分析、基因组突变分析、DEL文库测序数据分析等。

目前,平台可提供的商业软件有CLC Genomics Workbench,它是一款生物信息学综合分析工具,可用于基因组学和转录组学的数据分析。






4. 计算化学

计算化学在单分子性质或分子-分子相互作用的研究中有着非常重要的作用。平台提供分子对接、分子动力学模拟和量子化学计算等服务。


      




5. 培训服务

平台提供R编程、Linux基础培训,特定主题的生物信息学数据分析的培训,以及高通量测序相关的理论和实验应用的培训等。






怎么使用平台

如果您有高通量测序或者数据分析的需求,请下载相关的实验或数据递交表格,填写完整相应的内容,打印签字后交给平台工作人员,或者您也可以与平台人员取得联系,咨询相关技术问题,沟通确认后再递交表格。

生物医学大数据平台高通量测序送样单.docx

生物医学大数据平台数据分析送样单.docx

联系人:蒋立春 博士

Emailjianglch@@shanghaitech.edu.cn

联系地址:上海市浦东新区华夏中路393号人字楼A102

联系电话021-20684479