1. 高通量测序服务

平台配置了一台Illumina Hiseq 2500和一台Illumina Miniseq二代高通量测序仪,以及一台Nanopore MinION MK1B三代测序仪,以及建库和质检相关的全套仪器设备,可提供高通量测序相关的项目咨询、样本质检、测序文库构建,以及高通量测序的服务和技术支持。


平台配备的仪器:

Illumina Hiseq 2500 测序仪

Illumina Miniseq 测序仪

Nanopore MinION 测序仪

Illumina Hiseq 2500 测序仪


Illumina Miniseq 测序仪


Nanopore MinION 测序仪


Agilent Bioanalyzer 2100

Qubit 4.0

Lonza FlashGel 电泳系统

Agilent Bioanalyzer 2100


Qubit 4.0


Lonza FlashGel 电泳系统


Dolomite μEncapsulator

BioRad 96孔深孔PCR仪

Bioruptor Pico

Dolomite μEncapsulatorBioRad 96孔深孔PCR仪Bioruptor Pico



平台提供的文库构建服务类型:


2021年11月,平台新增了一台Singleron Matrix™自动化单细胞测序文库构建系统(型号SGR-SPAs10)系统可自动化完成单细胞分离,细胞裂解、mRNA捕获,有效提高实验的稳定性。目前,平台可提供相关单细胞悬液制备、测序文库构建,以及高通量测序的服务和技术支持等。

Singleron Matrix™自动化单细胞测序文库构建系统

Singleron Matrix™自动化单细胞测序文库构建系统


2. 生物信息学数据分析

平台提供通用序列分析、开源数据库或其他类型数据源的数据挖掘,提供各类二代及三代测序数据分析,包括Hi-C数据分析、基因组组装、基因组注释、RNA-Seq数据分析、ATAC-seq数据分析、CRISPR g-RNA筛选、蛋白质组学数据分析、单细胞RNA-Seq数据分析、BCR/TCR/抗体库分析、基因组测序突变分析、DNA编码库(DEL)测序数据分析等。

目前,平台可提供的商业软件有CLC Genomics Workbench,它是一款生物信息学综合分析工具,可用于基因组学和转录组学的数据分析。


分析结果图展示:



3. 科学插画

平台提供科学插画设计服务,用视觉媒体的形式来展示研究成果,服务内容包括但不限于:学术期刊和书籍的封面插图、论文图解摘要、动画短片、海报和演讲的图表等。


作品图展示:



4. 培训服务

平台提供R编程、Linux基础培训,特定主题的生物信息学数据分析的培训,以及高通量测序相关的理论和实验应用的培训等。


往届培训展示:





怎么使用平台

如果您有高通量测序或者数据分析的需求,请下载相关的实验或数据递交表格,填写完整相应的内容,打印签字后交给平台工作人员,或者您也可以与平台人员取得联系,咨询相关技术问题,沟通确认后再递交表格。

生物医学大数据平台高通量测序送样单.docx

生物医学大数据平台数据分析送样单.docx


为了便于项目服务收费的管理和记录,我们近期已将相关的服务上线到上海科技大学大型仪器设备(设施)共享平台(链接:https://eshare.shanghaitech.edu.cn/),除上述递交表格外,还需通过系统提交相关需求,并查看和确认相应的收费情况等。

注:该系统可供校内、外人员使用,校内人员可通过统一身份登录使用,校外人员可通过新用户注册后,提交相关的服务需求,如有问题可与平台人员联系。


联系人:蒋立春 博士

Emailjianglch@@shanghaitech.edu.cn

联系地址:上海市浦东新区华夏中路393号人字楼B101

联系电话021-20684479