1. 高通量测序服务

平台配置了一台华大智造G99和一台Illumina Miniseq二代台式测序仪，10X Genomics Chromium 单细胞系统和Visium CytAssist空间平台，一台Nanopore MinION MK1B三代测序仪，以及测序文库构建和质检相关的全套仪器设备，可提供高通量测序相关的项目咨询、样本质检、测序文库构建、二代及三代高通量测序等服务和技术支持。

平台配备的仪器：


华大智造 G99 测序仪	10X Genomics Chromium X 单细胞系统	10X Genomics Visium CytAssist空间平台


Nanopore MinION 测序仪	Illumina Miniseq 测序仪	Nanopore P24 combined单分子测序仪

Agilent Bioanalyzer 2100	Qubit 4.0	Lonza FlashGel 电泳系统

NanoDrop One	BioRad 96孔深孔PCR仪	Bioruptor Pico

平台提供的文库构建服务类型：

高通量测序分为短读长二代测序和长读长单分子三代测序，测序方法有几十种，我们目前可提供的文库构建服务主要包括：二代的常规DNA/RNA-seq，三维基因组Hi-C、染色质可及性ATAC-seq、单细胞转录组测序（以新格元的microwell单细胞测序技术为主），以及三代Nanopore测序建库等。

2. 生物信息学数据分析

平台提供通用序列分析、开源数据库或其他类型数据源的数据挖掘，提供各类二代及三代测序数据分析，包括Hi-C数据分析、基因组组装、基因组注释、RNA-Seq数据分析、ATAC-seq数据分析、CRISPR g-RNA筛选、蛋白质组学数据分析、单细胞RNA-Seq数据分析、BCR/TCR/抗体库分析、基因组测序突变分析、DNA编码库(DEL)测序数据分析等。

目前，平台可提供的商业软件有CLC Genomics Workbench，它是一款生物信息学综合分析工具，可用于基因组学和转录组学的数据分析。

分析结果图展示：

3. 网站和数据库

3.1 细胞膜表面蛋白CRISPR gRNA设计网站

网站功能：在线设计或者整体下载全基因CRISPR gRNA。该网站特别对编码细胞表面膜蛋白进行了标识。

网址：https://crispr-surfaceome.siais.shanghaitech.edu.cn/

备注：该网站目前只有人的数据，我们也支持其他物种全基因组gRNA的设计以及上线分享。

3.2 单细胞数据管理分析展示网站

网站功能：基于cellxgene vip（https://github.com/interactivereport/cellxgene_VIP）的单细胞测序数据的交互式展示，常规查询计算，参考https://interactivereport.github.io/cellxgene_VIP/tutorial/docs/how-to-use-cellxgene-vip.html。研究发表前私有项目的研究者自我管理，同行间分享。已经发表数据的复用、展示和查询。

网址：https://singlecell.siais.shanghaitech.edu.cn/

备注：您可以向我们建议最感兴趣的数据集合，我们可以和您一起进行分析并上线。