2、广谱疫苗靶点发掘：位于HIV-1病毒表面的Env蛋白三聚体是艾滋病疫苗研发的焦点。当前，针对艾滋病疫苗研发困境的破局途径之一是在少数广谱中和抗体的表位指引下开展结构指导的“免疫聚焦型疫苗设计”，其核心思想是通过结构指导的反向蛋白质工程设计，在屏蔽Env蛋白上无效或非广谱表位的同时将广谱中和抗体的抗原表位特异性地呈递给宿主的免疫系统，从而使宿主的免疫应答聚焦在这些保守的“免疫脆弱点”区域，进而引发广谱、高效的体液免疫反应来预防感染。而该策略的开展不仅需要广谱中和抗体抗原表位的指引，更需要对不同亚型Env蛋白的结构与抗原特征进行全面掌握。通过研究，我们报道了我国HIV-1病毒的主流亚型（即流行重组亚型CRF01_AE和CRF07_BC）的Env蛋白结构与免疫识别特征，揭示了CRF01_AE亚型的Env蛋白在V1区域的独有特征（图2A-B）及其与该亚型的广谱中和抗体逃逸能力之间的关系（图2C-D），并阐明了第一株分离自CRF01_AE感染个体的广谱中和抗体的新型中和机制（图2E）。该研究拓宽了我们对于HIV-1流行重组亚型的认识，为后续针对我国主流HIV-1亚型开展免疫聚焦型疫苗设计提供了关键信息 （Nat. Commun., 2023）。 此外，我们还描绘了α属冠状病毒刺突蛋白的抗原图谱，揭示了不同属的人冠状病毒的刺突蛋白之间在抗原特性上的共性与差异，相关研究成果也为开发广谱冠状病毒疫苗提供了理论参考（发表于 Commun. Biol., 2022）。

图2、揭示HIV-1流行重组亚型Env蛋白的结构与免疫识别特征 

3、新药靶点发掘与相应抑制剂发现：肠道病毒属（Enterovirus）多种病原体引发的感染因其庞大的感染基数每年给全球社会带来巨大的健康和经济负担，而3C蛋白是针对该属病毒开发抗病毒药物的热点。然而，此前针对其酶活性中心开发的抑制剂在动物实验中效果不佳，亟待发掘3C蛋白上新的药物靶点。我们通过研究发现：1）3C蛋白除具有传统的蛋白酶功能外还在该属病毒的基因组复制过程中发挥了关键调控作用，并鉴定出了3C蛋白上负责与病毒基因组5'NCR区结合的相关位点。2）3C蛋白的酶活性可以通过别构调节位点进行调控。上述别构调节位点和基因组结合位点均远离3C蛋白的酶活性中心，同时具有很高的属内保守性，可用于指导后续针对该属病毒的广谱抑制剂研发工作（发表于PNAS, 2020）。进一步，我们通过综合运用DNA编码化合物库和计算机虚拟筛选等技术针对上述两个新靶点开展了大规模的化合物筛选与验证工作，首次发现天然产物二氢杨梅素（DHM）能特异性靶向3C蛋白的别构调节位点，非竞争性地抑制包括柯萨奇病毒、脊髓灰质炎病毒、肠道病毒71等在内的多种肠道病毒的3C蛋白酶活性，进而通过阻断病毒多蛋白前体的切割来抑制病毒复制，实现广谱抗病毒效应，其在抗病毒实验中的选择性指数CC50/IC50超过700，具备优异的剂量窗口，有望作为抗肠道病毒药物的候选分子被进一步优化和继续开发（Adv Biol, 2025）。